Nacque a Cavalese nel 1723.
Dopo aver condotto i suoi studi ad Innsbruck esercitò la professione di medico a Cavalese, Trento, Idria (Slovenia) e si dedicò nel contempo a ricerche nel campo della botanica, della mineralogia e dell'entomologia.
Nel 1776 fu chiamato a ricoprire la cattedra di Chimica e Botanica presso l’Università di Pavia. In questi anni fondò un Gabinetto di chimica, si dedicò all’accrescimento delle collezioni dell’Orto Botanico e collaborò al riordino del materiale del Museo di Storia Naturale, allora diretto da Lazzaro Spallanzani.
Il difficile rapporto con quest’ultimo, dovuto a disaccordi personali e professionali (Scopoli fu un seguace del metodo classificatorio linneano, non apprezzato invece da Spallanzani), fu però per Scopoli causa di grandi amarezze e funestò i suoi ultimi anni.
Tra le sue opere si ricordano la Flora Carniolica, e la Entomologia Carniolica, con la descrizione delle specie botaniche e degli insetti studiati durante i suoi viaggi e ordinate secondo i sistema linneano, gli Anni Historico-Naturales, scritti di mineralogia, cristallografia e micologia, opere originali e traduzioni ad uso dei suoi studenti, le Deliciae florae et faune Insubricae.
Si spense a Pavia nel 1788.
